資訊專欄INFORMATION COLUMN
摘要：是一款分析基因疾病的工具。項(xiàng)目很活躍，很贊。這里指的罕見(jiàn)幾萬(wàn)，幾百萬(wàn)分之一這種概率。這個(gè)功能的主要作用是把醫(yī)生輸入的癥狀文字轉(zhuǎn)換為中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)是一套描述人類疾病所致的異常表型的標(biāo)準(zhǔn)詞語(yǔ)集，目前已經(jīng)有一萬(wàn)多個(gè)條目。
PhenoTips? is a software tool for collecting and analyzing phenotypic information for patients with genetic disorders.
Phenotips是一款分析基因疾病的Web工具。以它的源碼作為起點(diǎn)，我會(huì)隨看隨寫一些經(jīng)驗(yàn)下來(lái)與大家分享。由于我不是做生物信息的，所以里面會(huì)穿插很多相關(guān)的基本知識(shí)，行家直接跳過(guò)
項(xiàng)目源碼托管在Github中，從首頁(yè)底下就可以找到鏈接。
Clone的過(guò)程比較久，主要里面包含了一些數(shù)據(jù)庫(kù)。項(xiàng)目很活躍，很贊。
Phenotips.Build.0按照README里的步驟走下來(lái)，JDK，Maven，git clone，調(diào)高M(jìn)aven內(nèi)存，mvn install ，就可以等著啦。
表型 ( phenotype )
表型，又稱表現(xiàn)型，對(duì)于一個(gè)生物而言，表示它某一特定的物理外觀或成分。一個(gè)人是否有耳珠、植物的高度、人的血型、蛾的顏色等等，都是表型的例子。
表型可分為連續(xù)變異或不連續(xù)變異的。前者比如身高、智力，后者比如血型（ABO那些）、卷舌。基因突變 ( genetic disorder )
基因突變很容易理解，就是遺傳過(guò)程中，一個(gè)或多個(gè)基因位的異常變化，這種變化有可能造成一些很罕見(jiàn)的疾病。這里指的罕見(jiàn)幾萬(wàn)，幾百萬(wàn)分之一這種概率。
我猜你看到這里，mvn install還沒(méi)結(jié)束。所以這里再做一個(gè)建議：使用intelliJ打開Phenotips工程，打開的時(shí)候選擇maven項(xiàng)目。當(dāng)然，用intelliJ打開以后依然會(huì)maven install一堆東西。此時(shí)建議你把它打開，放到一個(gè)好的網(wǎng)絡(luò)環(huán)境內(nèi)，然后去吃個(gè)飯。
Quick Phenotype Search使用intelliJ打開工程以后就可以發(fā)現(xiàn)這是一個(gè)規(guī)劃的挺好的項(xiàng)目。
components, distribution, resources劃分的很明確。邏輯模塊都在components里，每一個(gè)模塊基本都按這樣組織。api, 各種ui。
由表及里，我們找一個(gè)入口切入來(lái)開始分析之旅。我們來(lái)挑選Quick Phenotype Search作為第一步。這個(gè)功能的主要作用是把醫(yī)生輸入的癥狀文字轉(zhuǎn)換為HPO(Human Phenotype Ontology)
中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ) ( Human Phenotype Ontology )
HPO是一套描述人類疾病所致的異常表型的標(biāo)準(zhǔn)詞語(yǔ)集，目前已經(jīng)有一萬(wàn)多個(gè)條目。也有中國(guó)的團(tuán)隊(duì)在做相應(yīng)的中文版翻譯。
這里，當(dāng)用戶輸入文字的時(shí)候會(huì)彈出autocomplete的窗口，所以自然也會(huì)有后端的API與之對(duì)應(yīng)。我們打開Chrome Dev Tools看一下就發(fā)現(xiàn)這里用到的API是
GET bin/get/PhenoTips/SolrService q:fever defType:edismax spellcheck.collate:true spellcheck:true lowercaseOperators:false
幾個(gè)參數(shù)有用的基本就是那個(gè)q啦。API里面還有SolrService，看來(lái)使用了Solr作為搜索引擎。那我們就去IntelliJ里去找Solr和這堆參數(shù)就好，挑個(gè)最難重名的來(lái)搜就好，就lowercaseOperators了。
找到4個(gè)有用的，再看看后面所在文件，就最后那個(gè)啦。簡(jiǎn)單的就跟到了search這個(gè)函數(shù)，AbstractOBOSolrVocabulary，DefaultVocabularyTermSuggestionsResource，xwiki這種看起來(lái)很牛的庫(kù)。
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摘要：音樂(lè)團(tuán)隊(duì)分享數(shù)據(jù)綁定運(yùn)行機(jī)制分析一個(gè)項(xiàng)目搞定所有主流架構(gòu)單元測(cè)試一個(gè)項(xiàng)目搞定所有主流架構(gòu)系列的第二個(gè)項(xiàng)目。代碼開源，展示了的用法，以及如何使用進(jìn)行測(cè)試，還有用框架對(duì)的進(jìn)行單元測(cè)試。 Android 常用三方框架的學(xué)習(xí) Android 常用三方框架的學(xué)習(xí) likfe/eventbus3-intellij-plugin AS 最新可用 eventbus3 插件，歡迎品嘗 簡(jiǎn)單的 MVP 模...
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