摘要：安裝執(zhí)行版本號，例如以下語句可以安裝幾的版本好像在墻內(nèi)只能找到以前的版本使用可以查看現(xiàn)有的版本，可以支持模糊切換。

一直說要好好學(xué)習(xí)，總結(jié)知識什么的。一直覺得沒有時間。周一終于提交了論文盲審。決定從今天每周都總結(jié)一次自己的所學(xué)。希望自己能堅(jiān)持。

一個醫(yī)學(xué)系的同學(xué)要分析一個叫TCGA的數(shù)據(jù)庫，每個實(shí)驗(yàn)文件是txt，格式如下：

hsa-miR-1228*    5.185500096 hsa-miR-1229    5.754380131
hsa-miR-1231    4.542420238 hsa-miR-1233    5.148618769
hsa-miR-1234    5.581203559

需要提取出幾個指標(biāo)的對應(yīng)數(shù)據(jù)，指標(biāo)需要她自己輸入，根據(jù)文件名中的基因名稱來排序生成一個excel表格，大約如下：

第一次寫的不好，如果看了覺得可以改進(jìn)請幫忙提出，謝謝。
https://github.com/LuyaoWang/...

這個任務(wù)我能想到的方案有：
1.配一個vs環(huán)境然后用C#做一個exe執(zhí)行程序。但是對方有兩臺電腦，操作系統(tǒng)分別為mac和windows，所以就放棄了。
2.直接寫shell腳本，可以處理txt和cvs。但是我不太確定，而且cvs還要轉(zhuǎn)一層。
3.幫助對方配一個node環(huán)境，然后用node寫個腳本運(yùn)行一下。

因?yàn)槲覜]用過node寫腳本，所以就打算試一試，如果有更好的方案可以后續(xù)討論。

如果是幫不會代碼的人裝環(huán)境最好是直接去node官網(wǎng)下個對應(yīng)版本就了了。不然折騰起來麻煩，地址如下：

https://nodejs.org/en/download/

如果涉及后續(xù)的開發(fā)，建議先下載nvm（node version manager），再裝node。

安裝nvm

在終端運(yùn)行以下語句，里面的版本號看一下：

curl -o https://raw.githubusercontent.com/creationix/nvm/v0.25.2/install.sh | bash

我?guī)屯瑢W(xué)配的時候一直報錯，說profile not found. Tried (as defined in $PROFILE)，所以建議如果沒有這個文件的話，先用以下語句建一個文件以后再運(yùn)行

touch ~/.bash_profile

如果裝完輸入nvm還是找不到就把以下文字輸入.bash_profile，出錯提示里面也有的。

export NVM_DIR="$HOME/.nvm"
[ -s "$NVM_DIR/nvm.sh" ] && . "$NVM_DIR/nvm.sh"  # This loads nvm

安裝node
執(zhí)行nvm install + 版本號，例如以下語句可以安裝node7.幾的版本(好像在墻內(nèi)只能找到3.3.1以前的版本)

nvm install 7

使用nvm ls可以查看現(xiàn)有的node版本，nvm use 7 可以支持模糊切換。

安裝依賴庫

在node中已經(jīng)包含了npm，node project manager吧。所以，我寫了一個package.json文件，說明了這個腳本需要依賴的excel庫，用npm install來自動安裝。

在我現(xiàn)在的理解下，我覺得node只是一個平臺，里面有很多的api和庫可以用來調(diào)用，真正開發(fā)的語言還是JavaScript，之后如果有更多理解會修改。所以我就查了一下node已經(jīng)集合了一個名為fs的庫用于處理txt。

主要用到兩個api，readfile用來讀文件，readdir用于讀文件夾。
api文檔地址：
https://nodejs.org/api/fs.htm...

建立一個文件app.js,然后把一下代碼復(fù)制進(jìn)去，在命令行輸入node app.js就可以得到讀取的txt文件內(nèi)容了。

var fs = require("fs");
fs.readFile("txt文件地址", "utf-8", function(error, config) {
    if (error) {
        console.log(error);
        console.log("config文件讀入出錯");
    }
    console.log(config.toString());
}

這個需要用戶輸入提取的那個數(shù)據(jù)名詞，然后我把數(shù)據(jù)名詞后面的數(shù)字提取出來。這個交互，我使用的是讓她填寫一個config.txt，然后我解析一下提取出名詞，按照正則表達(dá)式來匹配，一個名詞一重循環(huán)（這里可以考慮排序名詞，二分查找改進(jìn)效率）。

正則匹配函數(shù)match（）
原型：stringObj.match(regExp)
可以有兩種使用方式，一種是寫死匹配stringObj.match(/ffffd/),一種是傳入一個string，然后生成一個RegExp變量，如下：

var itemName = [];
itemName[0] = "hsa-miR-424";
var itemReg  = [];
itemReg[0]  = new RegExp(itemName[0]);itemName存有名詞
data.match(itemReg[0]);

具體參看mdn里面有正則表達(dá)的詳細(xì)過濾規(guī)則：
https://developer.mozilla.org...

這個我主要參考了small2寫的node.js讀寫excel文件。引入了庫excel-export用于導(dǎo)出excel?；旧暇褪歉牧艘幌滤膃xports.write函數(shù)，加入了我需要導(dǎo)入的邏輯，因?yàn)槲业氖仔懈鲉卧駜?nèi)容是用戶輸入的，所以就是還要復(fù)制新的caption。并且有的時候需要合并另一個excel里面的cd274的值。

conf是所有需要導(dǎo)入excel的配置和數(shù)據(jù)。先把這個conf里面的所有數(shù)值填寫好。包括conf.name就是工作表名稱，conf.cols中存放首行單元格信息。conf.rows就是之后每一行的信息。

然后調(diào)用var result = excelPort.execute(conf)，得到用于寫入的二進(jìn)制數(shù)據(jù)。

最后調(diào)用fs.writeFile(filePath, result, "binary", call_back)寫入excel。

另外有個問題，我發(fā)現(xiàn)type如果是number的時候我的excel打不開，不知道為什么。

var excelPort = require("excel-export");

exports.write = function(req, res) {
    //   console.log(itemName);
    var conf  = {};
    conf.name = "mysheet";
    conf.cols = [
        {caption: "gene_id", type: "string", width: 40}
    ];
    for (let i = 0; i < itemNum; i++) {
        if (isCD274.match(/y/)) {
            conf.cols[i + 2]         = {caption: "", type: "string", width: 40};
            conf.cols[i + 2].caption = itemName[i];
        } else {
            conf.cols[i + 1]         = {caption: "", type: "string", width: 40};
            conf.cols[i + 1].caption = itemName[i];
        }
    }
    if (isCD274.match(/y/)) {
        conf.cols[1] = {caption: "cd274", type: "string", width: 40};
    }
    conf.rows    = req;
    var result   = excelPort.execute(conf);
    var filePath = "./result.xlsx";
    fs.writeFile(filePath, result, "binary", function(err) {
        if (err) {
            console.log(err);
        }
        console.log("success!");
    });

};

官方文檔在此，但是例子用了express，我就沒仔細(xì)看。
https://www.npmjs.com/package...

第一次正經(jīng)的自己裝了一個node，然后花了一天時間實(shí)現(xiàn)了這個功能，還是很開心的。但是由于后來沒什么耐心了，各種實(shí)現(xiàn)應(yīng)該不太符合規(guī)范。等學(xué)習(xí)一段時間我再來改進(jìn)。

這應(yīng)該是我第一次用js做了腳本操作，之前基本就是最簡單的dom操作。我的思維還是停留在c++的那種同步模式，本來想直接用同步機(jī)制，但是這樣用js的好處就體會不到了。作用域的問題也特別亂，我感覺我一直在不停的把變量嵌套進(jìn)回調(diào)函數(shù)?；卣{(diào)嵌套回調(diào)，我只知道如何輸入一個數(shù)據(jù)到函數(shù)里，不知道怎么輸出，只能無限循環(huán)進(jìn)去，我看了一下express可以有req和res的交互，但是不想給一個這么小的例子加太多東西，所以就先這樣。我覺得js本身應(yīng)該解決了這個問題，只是我還沒學(xué)到，下周研究一下這個問題，把作用域搞搞清楚。